Im bayernhafen Regensburg steht Ihnen eine leistungsfähige Eisenbahninfrastruktur mit ca. 34 km Gleislänge zur Verfügung. Im Hafenbahnhof können Ganzzüge abgestellt werden. Nahezu alle Grundstücke des Hafens sowie alle Kaianlagen verfügen über einen Schienenzugang der Hafenbahn.

Durch das Anschlussrecht der betriebseigenen Eisenbahn an das Netz der Deutschen Bahn kann ein Direktanschluss an das europäische Schienennetz geboten werden. Der bayernhafen Regensburg besitzt die eigene Güterverkehrsstellen-Nummer 263087.

Mitte des 19. Jahrhunderts war Regensburg als Endpunkt der Dampfschifffahrt auf der Donau von zentraler Bedeutung. Mit Anbindung der Ostbahn, deren Netz Regensburg mit München und Nürnberg verband, an das Donauufer entstand 1865 vor den Toren der Stadt ein neuer Ländeplatz. Damit wurde erstmals der unmittelbare Warenumschlag zwischen Schiff und Eisenbahn möglich. Die Donaulände ist der älteste Umschlagplatz des heutigen Hafens.

Die Fertigstellung des Main-Donau-Kanals im Jahre 1992 brachte dem Hafen Regensburg den größten Einschnitt in Bezug auf die Verkehrsgeographie und die Hinterlandverbindungen seines Bestehens. Dadurch verlor Regensburg die bisherige Kopfhafenfunktion. Traditionelle Kooperationen, z.B. mit der Deutschen Bahn AG, verloren mehr und mehr an Bedeutung. So ist es nicht überraschend, dass die Umschlagmengen dieser Jahre einen Wendepunkt in der Geschichte des Regensburger Hafens markieren.

Durch den Main-Donau-Kanal eröffneten sich für Regensburg aber auch neue Chancen und Perspektiven. Direkte Verkehrsbeziehungen nach Westeuropa und zu den Nordsee-Häfen wie Rotterdam wurden möglich. Der Transportmarkt richtete sich aufgrund dieser Möglichkeiten völlig neu aus.
Heute werden rund 45 % des Gesamtaufkommens über die Kanalverbindung abgewickelt, Tendenz steigend. Regensburg entwickelt sich immer mehr zu einer Relaisstation beim Flottenübergang zwischen Rhein- und Donauschifffahrt.

Zur Verringerung des LKW-Anteils im Transitverkehr hat die Republik Österreich ab dem Jahr 2002 wieder verstärkt mögliche Standorte für die Errichtung und den Betrieb von Terminals der Rollenden Landstraße (RoLa) gesucht.

Da bereits in früheren Jahren in Regensburg eine Rollende Landstraße (Relation Graz) betrieben wurde, kam auch der Standort Regensburg wieder ins Gespräch. Jedoch konnten die Bahnanlagen wegen mittlerweile vorhandener benachbarter Wohnbebauung nicht wieder reaktiviert werden, weshalb in ersten Gesprächen mit den österreichischen Stellen zu Beginn des Jahres 2003 die Möglichkeiten zur Errichtung eines RoLa-Terminals geprüft wurden. Diese Prüfung ergab, dass innerhalb des Hafengebiets ein Terminalstandort mit nahezu idealen und auch bereits weitgehend bestehenden Anbindungen an die Verkehrsträger Schiene und Straße bestand.

Es wurden deshalb die Planungen für die Errichtung eines RoLa-Terminals im Bereich des Hafenbahnhofs mit insgesamt 3 Ladegleisen und 2 Rampenplätzen  sowie mit einer Terminalfläche (Abstell- und Warteplatz für LKWs) von insgesamt rd. 13.000 m² bis zur Ausführungs- und Genehmigungsreife vorangetrieben. Die bahnrechtlich erforderliche Genehmigung für den Bau und den Betrieb der Anlagen wurde von der Bayernhafen GmbH & Co. KG ebenfalls eingeholt, damit bei Erfordernis die Anlagen kurzfristig verwirklicht werden konnten.

In der ersten Hälfte des Jahres 2005 wurden die notwendigen Vereinbarungen zwischen den Beteiligten abgeschossen. Mitte August erfolgte der erste Spatenstich für die Baumaßnahmen. Nach einem Probezug am 25.10.2005 erfolgte zu Beginn des Novembers 2005 die fahrplanmäßige Betriebsaufnahme auf dem Terminal.

Zur verbesserten und vereinfachten Betriebsabwicklung wurde bis zum Jahreswechsel 2010/2011 weiterhin eine Teilelektrifizierung im Hafenbahnhof vorgenommen, welche die Abwicklung der Rollenden Landstraße mit elektrischen Lokomotiven ohne den bisher erforderlichen Traktionswechsel ermöglicht, wobei die Teilelektrifizierung auch zur Abwicklung anderer Eisenbahnverkehre mit Elektrotraktion genutzt werden kann.

Zum 30.06.2016 wurde die RoLa Regensburg – Trento eingestellt. Die Geschäftsleitung bemüht sich um eine Fortsetzung der Rollenden Landstraße, jedoch herrschen derzeit schwierige Marktbedingungen - der 2015 weiter gesunkene Preis für Dieselkraftstoff erhöht die Wettbewerbsfähigkeit des reinen Straßentransportes

In den Jahren Ende 2002 / Beginn 2003 wurden erste sondierende Gespräche mit Interessenten über Containerumschlag- und –lagermöglichkeiten im bayernhafen Regensburg geführt. Diese Gespräche hatten jedoch in erster Linie die Schaffung von Ausweichmöglichkeiten bei Kapazitätsengpässen des bestehenden Container-Terminals in Regensburg – Ost zum Ziel. Die Vermeidung einer derartigen Anhängigkeit wurde von der Bayernhafen GmbH & Co. KG in den Gesprächen stets vertreten.

Auch bei den weiteren Planungen für die Errichtung eines Terminals für kombinierte Verkehre war der selbständige und unabhängige Betrieb des Terminals stets im Vordergrund gestanden. Die weiteren Planungen sahen schließlich die Errichtung eines Terminals im Bereich des Westhafen-Südkais vor, wobei bereits bei der Planung spätere Erweiterungsmöglichkeiten bis zur Einbeziehung des benachbarten Umschlagufers als trimodales KV-Terminal berücksichtigt wurden.

Um kurzfristig auf Markbewegungen reagieren zu können, wurden die Planungen einer ersten Ausbaustufe des Terminals vom bayernhafen Regensburg bis zur Ausführungs- und Genehmigungsreife vorangetrieben, wobei auch eine Baugenehmigung für die Terminalanlagen erlangt wurde. Diese konnte in der ersten Hälfte des Jahres 2006 an die Firma CDN Container-Depot-Nürnberg abgetreten werden, die auf dieser Basis das terminal errichtet hat und dieses betreibt.

Aufgrund der deutlich angestiegenen Lager- und Umschlagtätigkeit steht derzeit eine Erweiterung des Terminals unmittelbar bevor.

Der Kaiausbau im Osthafen erfolgte in den 60er Jahren mit einem 3-gleisigen, nicht überfahrbaren Uferquerschnitt. Wegen der zu überspannenden Gleise wiesen die dabei errichteten Krananlagen eine Schienenmittenentfernung der Portale von 19 m. Infolge der sich dabei ergebenden großen Schwenkwinkel in Verbindung mit den verhältnismäßig geringen Tragfähigkeiten war die Leistungsfähigkeit der Krananlagen am Osthafen-Südkai für die modernen Anforderungen an einen leistungsfähigen Schiffsgüterumschlag in keiner Weise mehr ausreichend.

Innerhalb des Umschlagufers am Osthafen-Südkai befand sich weiterhin eine Schwergutumschlagplatte. Diese wies jedoch nur eine nutzbare Länge von ca. 60 m auf, was für die aktuellen Anforderungen an den Schwer- und Sperrgutumschlag nicht mehr ausreichend ist.

Um das Umschlagufer am Osthafen-Südkai an die neuen und zukünftigen Anforderungen eines rationellen Umschlags anzupassen, wurden die ursprünglich offenen Kaiflächen auf einer Breite von rd. 20 m überfahrbar ausgebildet. In Verbindung mit den neu errichteten Krananlagen mit Tragfähigkeiten bis zu 63 t Tragfähigkeit ist nunmehr ein leistungsfähiger Schiffsgüterumschlag mit kurzen Umschlag- und Liegezeiten möglich. Auch der Umschlag von Schwer- und Sperrgütern ist auf dem gesamten Kai möglich.